สำนักเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร ตั้งอยู่บนชั้น 5-6 อาคาร 120 กรมศุลกากร รับผิดชอบงานด้านบริหารจัดการระบบฯ วางแผนและพัฒนาระบบ และสนับสนุนให้คำปรึกษาเกี่ยวกับเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
ปัจจุบันกรมศุลกากรมีการเพิ่มประสิทธิภาพในการบริหารงานศุลกากร โดยการนำระบบเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสารเข้ามาใช้งานในทุกระบบงาน ทำให้ผู้เกี่ยวข้องทั้งในส่วนผู้ประกอบการ/เอกชน หรือเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติเกิดความสะดวกในการปฏิบัติงาน